La Asociación, que funciona bajo principios democráticos, está dirigida, regida y administrada por la Asamblea General (órgano soberano de AEUAS), la Junta Directiva y el Presidente (que a su vez lo es de la Asamblea General y de la Junta Directiva). Dependiente de la Junta Directiva existe, además, una Comisión Jurídica/Técnica, integrada por letrados o técnicos nombrados por los diferentes asociados.